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手持式光谱仪在实际工作中被测量的样品,往往其成份是由多种元素组成,除待测元素以外的元素统称为基体。由于被测量的样品中,其基体成份是变化的(这个变化一是指元素的变化,二是指含量的变化),手持式光谱仪直接影响待测元素特征X射线强度的测量。换句话说,待测元素含量相同,由于其基体成份不同,测量到的待测元素特征X射线强度是不同的,这就是基体效应。基体效应是X射线荧光定量分析的主要误差来源之一。基体效应是个无法避免的客观事实,其物理实质是激发(吸收)和散射造成特征X射线强度的变化,除待测元素外,基体成份中靠近待测元素的那些元素对激发源的射线和待测元素特征X射线产生光电效应的几率比轻元素(在地质样品中一些常见的主要造岩元素)的几率大得多,也就是这些邻近元素对激发源发射的X射线和待测元素的特征X射线的吸收系数比轻元素大得多;轻元素对激发源放出的射线和待测元素的特征X射线康普顿散射几率比重元素大得多。